校长是大学的当然领导，国大委员会的法人代表和主席。是由大学执政局任命的，任期为四年，只可再当选一次。成为校长要求是墨西哥出生的，35岁以上，70岁以下，拥有国大预科班以上的学位，在国大做过至少10年教学或科研服务，在其领域已有名声，为人可敬与谨慎的墨西哥人。
他的主要权力和职责是照管组织法，执政局的命令和国大委员会给予的解决方案的准确执行；列出三位候选人以使执政局可从中任命院所系的负责人；任命各中心主任-事先考察对应各界的评价-；管理国大执政局的总务处（在不对国大理事会保留的事件上），以及注意维护指导国大生活的法规政策的严格执行，使得学术秩序不被中断。
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