Der Rektor ist kraft seines Amtes der Leiter der Universität, ihr gesetzlicher Vertreter und Vorsitzender des Universitätsrates. Er wird vom Verwaltungsrat der Institution ernannt und bleibt vier Jahre im Amt, mit der Möglichkeit der einmaligen Wiederwahl. Um das Amt des Rektors übernehmen zu können, muss man von Geburt an die mexikanische Staatsbürgerschaft besitzen, älter als 35 und jünger als 70 Jahre alt sein, mindestens einen Hochschulabschluss haben, über zehn Jahre Erfahrung im Lehr- oder Forschungsbereich in der Universität verfügen, sich in seinem Fachgebiet verdient gemacht haben und eine ehrwürdige und verständige Person sein.
Seine Hauptaufgaben und -pflichten sind unter anderem für die strikte Einhaltung des Organgesetzes, der Anordnungen des Verwaltungsrates und der Beschlüsse des Universitätsrates zu sorgen und die Kandidatenliste vorzulegen, aus denen der Verwaltungsrat die Direktoren der Fakultäten, Schulen und Institute ernennt. Des Weiteren ernennt er nach Befragung der jeweiligen Gemeinschaft die Direktoren der Zentren, übernimmt die Generaldirektion der Universitätsleitung in den Bereichen, die nicht dem Patronat vorbehalten sind, überwacht die strikte Einhaltung der Normen, die das institutionelle Leben regeln, indem er dafür sorgt dass die akademische Ordnung nicht gestört wird.
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