Ignacio Bonillas war der offizielle Präsidentschaftskandidat, der seinen Wahlkampf im März begann. Im darauf folgenden Monat wurde General Obregón zur Gerichtsverhandlung gegen Roberto Cejudo geladen, mit dem er mutmaßlich in Verbindung stand. Obregón entwich seinen Wächtern und floh in den Bundesstaat Guerrero.

Am 23. April kündigte der Gouverneur des Bundesstaates Sonora das Programm von Agua Prieta an, das dazu aufrief, die Regierung abzuerkennen. Carranza verließ die Hauptstadt am 6. Mai und wurde in Tlaxcalantongo, im Bundesstaat Puebla am 21. desselben Monats ermordet. Während der Tage der Besetzung der Hauptstadt durch die Streitkräfte von Pablo González, auch im Mai, wurde Balbino Dávalos zum einstweiligen Rektor ernannt. Nach dem Sieg des Aufstands ernannte das Abgeordnetenhaus Adolfo de la Huerta zum Staatspräsidenten.

„In diesen Zeiten bin ich nicht hier, um für die Universität zu arbeiten, sondern um die Universität zu bitten, für das Volk zu arbeiten“, sagte Vasconcelos in seiner Antrittsrede als Rektor. Obwohl er sich während seines Rektorats vor allem mit der Föderalisierung der Bildung beschäftigte, als Vorstufe zur Schaffung eines Bildungsministeriums, hinterließ seine Amtszeit an der Universität unauslöschliche Spuren, wie die erneute Eingliederung der Nationalen Voruniversitären Schule in die Universität, die nationale Kampagne gegen den Analphabetismus, an der auch Frauen teilnahmen, die Kampagne zur persönlichen Körperpflege und Hygiene und die Befreiung von den Studiengebühren für mittellose Studenten.

Unterdessen arbeitete Ezequiel A. Chávez an dem Projekt zur Föderalisierung der Bildung. Von diesem Jahr an entfaltete sich an der Universität ein Dynamismus, den es im ersten Jahrzehnt ihres Bestehens nicht gegeben hatte. Am 1. Oktober trat Álvaro Obregón die Präsidentschaft an. 

Aus diesem Jahr stammt eine der Initiativen von Vasconcelos, die bis zum heutigen Tag gilt: das Gesetz über das Wappen und den Wappenspruch der Institution, „Aus meiner Rasse wird der Geist sprechen“, mit den Abbildungen eines Adlers und eines Kondors, die die Landkarte von Lateinamerika von der mexikanischen Nordgrenze bis zum Kap Hoorn umrahmen. Aus diesem Jahr stammt auch das Projekt für  Veröffentlichungen, das später vom Bildungsministerium weitergeführt wurde. Mit Pedro Henríquez Ureña als Direktor wurden die Sommerschule und die Abteilung für Universitären Austausch und Weiterbildung gegründet.

Am 20. September wurde im Amphitheater Bolívar der Internationale Studentenkongress eröffnet. Unter den Teilnehmern traten der Argentinier Arnaldo Orfila Reynal und der Mexikaner Daniel Cosío Villegas hervor. Die Arbeiten an der Wandmalerei des Gebäudes der Nationalen Voruniversitären Schule begannen, unter Mitwirkung von Diego Rivera, José Clemente Orozco, Fernando Leal und Jean Charlot.

Nach einer Rundreise von Vasconcelos durch das Land, stimmten die Legislativen der Bundesstaaten der Verfassungsreform zur Gründung des Bildungsministeriums, dem die Nationale Universität untergeordnet werden sollte, zu. Am 20. Oktober trat Vasconcelos das Amt des Bildungsministers an. Antonio Caso wurde zum Rektor der Universität ernannt, nach einer kurzen Interimszeit des Ministers Mariano Silva y Aceves. 

Als Sotero Prieto, ein hervorragender Mathematiklehrer, die Leitung der Nationalen Voruniversitären Schule ablehnte, kam es zu einer Krise, da Vasconcelos sich selbst zum Direktor dieser Schule ernannte. Rektor Caso hielt dies für eine Anomalie und reichte sein Rücktrittsgesuch ein, das nicht angenommen wurde. 

Später wurde Vicente Lombardo Toledano zum Direktor der Nationalen Voruniversitären Schule ernannt. Die Universität unterstand dem Bildungsministerium, weshalb ihre Initiativen von diesem befürwortet werden mussten.

Die Universität war zu einer der Stützen des nationalen Bildungsprojekts der Regierung Obregón geworden.

Das ehemalige Wissenschaftliche und Literarische Institut von San Luis Potosí wurde zur Autonomen Universität von San Luis Potosí, im Bundesstaat San Luis Potosí. An der Nationalen Voruniversitären Schule kam es aufgrund der Meinungsverschiedenheiten zwischen dem Direktor Lombardo und Minister Vasconcelos erneut zu Problemen.

Dieser Konflikt beruhte auf dem Engagement Lombardos in der Arbeiterbewegung. Die Studenten der Nationalen Voruniversitären Schule stellten sich gegen den Bildungsminister. Eine der führenden Figuren war Salvador Azuela. Lombardo trat von seinem Amt als Direktor der Nationalen Voruniversitären Schule zurück. Nachdem Vasconcelos diesen Rücktritt angenommen hatte, trat auch Caso von seinem Amt als Rektor der Universität zurück. Zusammen mit ihnen verließ Pedro Henríquez Ureña, einer der besten Lehrer, die Sommerschulen und die Schule für Höhere Studien.

Im September gab Obregón die Anerkennung seiner Regierung durch die USA bekannt, um die er sich seit seinem Amtsantritt fortwährend bemüht hatte. Dies war das Ergebnis der Abkommen von Bucareli. Als General Plutarco Elías Calles zum offiziellen Präsidentschaftskandidaten ernannt wurde, trat der Finanzminister, Adolfo de la Huerta, ein weiterer Kandidat für dieses Amt, zurück.

Vasconcelos blieb der Regierung treu, obwohl er nicht für Calles war. Nach dem Rücktritt von Caso wurde Ezequiel A. Chávez Rektor. Der Student der Jurisprudenz Luis Rubio Siliceo legte dem mexikanischen Studentenverband einen Gesetzentwurf zur Autonomie der Universität vor. Dieses Projekt erhielt im September die Unterstützung von 96 Abgeordneten, allen voran Dr. Pedro de Alba. Der CampusNr. 2 der Nationalen Voruniversitären Schule wurde gegründet.

Der im Dezember von Adolfo de la Huerta angeführte Aufstand führte dazu, dass der großzügige Haushalt, den das Erziehungsministerium bis dahin erhalten hatte, stark gekürzt wurde. Vasconcelos hatte seinen Rücktritt Anfang des Jahres eingereicht, er wurde aber erst am 2. Juli angenommen.

Auf Vasconcelos folgte Dr. Bernardo J. Gastélum, der den Rektor Ezequiel A. Chávez um einen Gesetzentwurf zur Autonomie der Universität bat, der erfolglos blieb. Am 1. Oktober teilte sich die frühere Schule für Höhere Studien in die Fakultät für Philosophie und Literatur, die Schule für Lehrerausbildung und die Graduiertenfakultät; der Bereich Exakte Wissenschaften gehörte zur Fakultät für Philosophie und Geisteswissenschaften.

Am 1. Dezember trat General Plutarco Elías Calles die Präsidentschaft an. Er ernannte José Manuel Puig Cassaranc zum Bildungsminister. Alfonso Pruneda übernahm das Rektorat der Universität.

Die kreative und ästhetische Ausrichtung der öffentlichen Bildung in der Amtszeit von Vasconcelos wurde von dem pragmatischen Charakter des Unterstaatssekretärs für Bildung, Moisés Sáenz, abgelöst. Die gelungenste Amtshandlung von Moisés Sáenz war die Gründung der Realschulen, die am 31. Dezember bekannt gegeben wurde, womit die ersten drei Studienjahre der Nationalen Voruniversitären Schule wegfielen.

Damit verblieb nur noch die Schule zur Einführung in das Universitätsstudium, die auf dem Campus 2 der Nationalen Voruniversitären Schuleihren Sitz hatte. Am 30. Januar wurde im Universitätsrat das Dekret des ehemaligen Präsidenten Obregón vorgelesen, mit dem die Fakultät für Philosophie und Literatur und die Pädagogische Hochschule gegründet wurden, wie auch das Dekret, mit dem die Fakultät für Chemiewissenschaft in Fakultät für Chemie und Pharmazie umbenannt wurde.

Die Studentenschaft erkannte die intellektuelle Führungsposition von José Vasconcelos an, der sich ins freiwillige Exil nach Europa begeben hatte. Es wurde eine Gesetzesinitiative verabschiedet, die die Wiederwahl des Staatspräsidenten für eine nicht unmittelbar auf seine vorherige Amtszeit folgende Periode erlaubte.

General Obregón, der sich an seinen Heimatort zurückgezogen hatte, zeichnete sich als Präsidentschaftskandidat ab. Der Konflikt zwischen der Kirche und dem Staat brach aus, nachdem eine Initiative der Regierung zur Begrenzung des katholischen Kults durch gesetzliche Maßnahmen in Kraft getreten war.

Die Liga zur Verteidigung der Religionsfreiheit führte den städtischen Widerstand an. Auf dem Land brach der Konflikt in den Bundesstaaten Zacatecas, Jalisco,Colima und Michoacán aus.

An der Universität wurde die Verordnung für die Universitätsbibliotheken verabschiedet.

Francisco Serrano, ein ehemaliger Mitarbeiter von Obregón, ließ sich zum Präsidentschaftskandidaten ernennen. Dasselbe tat General Arnulfo R. Gómez, der von der Nationalen Partei der Wiederwahlgegner, die Vito Alessio Robles leitete, unterstützt wurde.

Anfang Oktober bereitete Serrano ein Militärkomplott vor, durch das Obregón, Calles und General Amaro „liquidiert“ werden sollten. Der Plan wurde aufgedeckt und am 4. dieses Monats, als Serrano seinen Namenstag in Cuernavaca feierte, wurden er und seine Mitstreiter festgenommen und auf der Landstraße nach Mexiko-Stadt heimtückisch ermordet.

Einen Monat später, in Teocelo, im Bundesstaat Veracruz, fiel General Gómez im Gefecht. Der Widerstand gegen die Wiederwahl wurde gebrochen. Dagegen verbreitete und intensivierte sich der Krieg der Cristeros (katholische Untergrundkämpfer). Im universitären Bereich geschah nichts Außergewöhnliches. Es wurden weiterhin Meinungen über die Autonomie der Universität geäußert.

Der Senat erhielt den Gesetzentwurf der Nationalen Studentenliga, über den aber nicht diskutiert wurde. Die Architekten Mauricio Campos und Marcial Gutiérrez legten als Abschlussarbeit ihres Studiums ein Projekt zur Errichtung einer Universitätsstadt vor, die im Stadtteil Huipulco entstehen sollte.

Später wurden Grundstücke im Stadtteil Lomas de Sotelo erworben, um dort einen Wohnblock für Hochschullehrer zu bauen, das Projekt wurde aber nicht weitergeführt.

Álvaro Obregón, der gewählte Staatspräsident, wurde am 17. Juli im Restaurant La Bombilla, im Stadtteil San Ángel ermordet. Zu Ende der Amtszeit von Plutarco Elías Calles wurde die politische Krise durch die Ernennung von Emilio Portes Gil zum Interimspräsidenten am 1. Dezember beigelegt.

Ezequiel Padilla wurde zum Bildungsminister und Antonio Castro Leal zum Rektor der Universität ernannt.

Im März wurde die Nationale Revolutionäre Partei (PNR) gegründet. In ihr schlossen sich die „revolutionären Kräfte” des Landes zusammen. Obwohl ihr Präsident nicht General Plutarco Elías Calles war, erschien er doch als der offenkundige Anführer und über die Partei kontrollierte er die nationale Politik. Im Norden der Republik erhob sich eine Gruppe von Generälen, orthodoxe Obregonisten, in einem bewaffneten Aufstand.

Eine starke militärische Mobilisierung, bei der sich General Saturnino Cedillo hervortat, neutralisierte und besiegte die von Gonzalo Escobar angeführten Rebellen. Nach dem Tod von General Enrique Goroztieta, und nachdem die Regierung einigen exilierten Mitgliedern des Bistums die Einreise erlaubt hatte, wurde die Cristero-Bewegung schwächer.

Monsignore Pascual Díaz leitete Verhandlungen mit Portel Gil, die zu den so genannten „Absprachen“ zwischen Kirche und Staat führten. Pascual Ortiz Rubio, bis vor kurzem noch Botschafter in Brasilien, wurde von der Nationalen Revolutionären Partei (PNR) als Präsidentschaftskandidat aufgestellt.

Auch José Vasconcelos kündigte seine Kandidatur an und begann eine Rundreise durch die Republik, nachdem er vom Norden aus, über den Bundesstaat Baja California, in das Land eingereist war. Die Studenten und die Mittelschicht begeisterten sich für Vasconcelos.

An der Universität wurde am 27. Februar die Verordnung über Quartalsnoten verabschiedet. Zwei Monate später erklärte der Rektor Antonio Caso Leal, dass es notwendig sei, ein angemessenes System für die Bewertung der Leistungen der Studierenden an den verschiedenen Schulen festzulegen, vor allem für den Bereich Rechtswissenschaften und Sozialwissenschaften.

Der Direktor der Schule für Jurisprudenz, Narciso Bassols, kündigte ein neues System zur Bewertung der Studenten an. Dies löste heftige Proteste bei den Studenten aus. Am 4. Mai hielten die Jurastudenten eine Versammlung ab und ernannten ein provisorisches Streikkomitee, das versuchen sollte, den Konflikt mit dem Bildungsminister Ezequiel Padilla beizulegen. Sollte keine Lösung gefunden werden, würde am 12. Mai der Streik ausgerufen.

Das Rektorat kündigte an, dass die Schule für Jurisprudenz im Falle eines Streiks geschlossen werden würde. Zu einer Verhandlung zwischen den Studenten und dem Rektor kam es nicht, sondern nur zu Gesprächen mit dem Generalsekretär, Daniel Cosío Villegas. Am 5. Mai erklärten die Studenten den Streik. Direktor Bassols drohte, die Anführer aus der Universität auszuschließen. 

Aufgrund des Streiks und der Unterstützung, die die Studierenden der Rechtswissenschaften nach und nach erhielten, kündigten Staatspräsident Portes Gil und Rektor Castro Leal die Schließung der Schule an und schlugen außerdem vor, auch diejenigen Schulen zu schließen, die sich der Bewegung anschließen würden. Es kam zu Unruhen an den Schulen und gewaltsamen Demonstrationen. Der Rektor stellte den Studenten das Amphitheater der Nationalen Voruniversitären Schule als Versammlungsort zur Verfügung. Dies geschah am 8. Mai.

Die Studenten beschlossen, dem Präsidenten ein Dokument zukommen zu lassen, in dem die Ursachen des Streiks erklärt und ein Schlichtungsverfahren vorgeschlagen wurde. Am nächsten Tag rief die Nationale Studentenkonföderation, unter dem Vorsitz von Alejandro Gómez Arias, die Mitgliedsverbände auf, die Studentenbewegung zu unterstützen.

Es wurde ein Streikkomitee gebildet, dem unter anderen Gómez Arias, Salvador Azuela, Carlos Zapata Vela und Ricardo García Villalobos angehörten. Castro Leal erklärte den Konflikt für beendet. Die Studenten unterschrieben einen Ehrenpakt, mit dem sie sich verpflichteten, an keiner Lehrveranstaltung teilzunehmen.

Am 11. Mai wurde ein Orientierungsblock gebildet, um einen Gegenpol zu den Streikenden zu bilden. Die Studenten veröffentlichten ein Manifest mit ihren Argumenten und einem Ultimatum von 48 Stunden, innerhalb derer der Rektor eine Kommission ernennen sollte, um das Problem zu lösen. Portes Gil wies darauf hin, dass es sich um eine Bewegung mit politischem Hintergrund handelte, da zwei ihrer wichtigsten Anführer, Gómez Arias und Azuela, Vasconcelisten waren.

Am 16. Mai wurde die Wiedereröffnung der Schule für Jurisprudenz beschlossen, unter der Bedingung, dass die Studenten sich erneut immatrikulierten. Niemand erschien. In den nächsten Tagen schlossen sich die Studenten anderer Schulen der Bewegung an, einschließlich die der Nationalen Voruniversitären Schule, der Realschulen, der Schule für Zahnmedizin und der Schule für Medizin, in die die Polizei versuchte gewaltsam einzudringen.

Es fand eine große Studentendemonstration statt, mit neuen Zusammenstößen und Verletzten. Einige Hochschullehrer reichten aus Protest gegen die Repression ihre Kündigung ein. Narciso Bassols trat zurück. Portes Gil befahl den Rückzug der Sicherheitskräfte aus den Universitätsgebäuden, damit die Studenten ungestört beratschlagen könnten.

Daraufhin schlugen diese den Rücktritt der Amtsträger im Bildungsbereich vor, einschließlich des Rektors sowie des Chefs der hauptstädtischen Polizeikräfte. Außerdem verlangten sie die Wiederaufnahme der Realschulen in die Nationale Voruniversitäre Schuleund dass der Staatspräsident den Rektor aus einer Kandidatenliste des Universitätsrats wähle. Die Jurastudenten hielten eine Gedenkfeier für die Verletzten der Zusammenstöße vom 23. Mai ab und forderten, dass dieser Tag zum  „Tag des Studenten“ erklärte werde und der Platz von Santo Domingo in “Platz des 23. Mai“ umbenannt werde.

Portes Gil lud die Studenten zu einem Dialog ein. Bei dem Gespräch am 28. Mai erklärte er, dass er die Autonomie befürworte, weigerte sich aber auf die Rücktrittsforderungen einzugehen. Am 1. Juni gab der Universitätsrat seinen Beschluss über die Autonomie bekannt. Im Abgeordnetenhaus wurde der Entwurf in außerordentlichen Sitzungen diskutiert.

Am 4. Juni ermächtigte das Abgeordnetenhaus den Präsidenten, die Grundlagen für die Autonomie zu schaffen. Am darauf folgenden Tag schloss sich der Senat dem an. Portes Gil arbeitete die Grundordnung für die Nationale Autonome Universität von Mexiko aus. Die Streikleitung veröffentlichte ihre Einwände gegen den Entwurf und verlangte den Rücktritt von Castro Leal.

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Am 29. Juni gründete die Streikleitung die Liga der Hochschullehrer und Studierenden. Am 5. Juli erklärte das Streikkomitee, dass der Streik im Falle einer Verabschiedung des Autonomiegesetzes beendet werde. Schließlich wurde am 10 Juli die Grundordnung der Universität bekannt gegeben, die 19 Beweggründe umfasste, 6 Kapitel und 67 Artikel, von denen 12 Übergangsartikel waren. Am nächsten Tag fand die letzte Sitzung der Streikleitung statt.

Der Streik wurde für beendet erklärt und der normale Universitätsbetrieb wurde wieder aufgenommen. García Tellez wurde für die Zeit vom 21. Juli bis zum 1. August zum einstweiligen Rektor ernannt. Am 26. Juli wurde die neue Grundordnung der Universität im Amtsblatt veröffentlicht. Durch diese Grundordnung erhielt die Universität die stärkste Kohäsion seit ihrer Gründung.
Die Erfahrung mit dem Studentenstreik weckte in den Protagonisten das Bewusstsein der Zugehörigkeit zu einer Institution und einem Gremium. Gewiss waren die gemeinsamen Erfahrungen an der Nationalen Voruniversitären Schule ein kohäsives Element, aber die verschiedenen Hochschulzweige innerhalb der Universität trennten die Studenten wieder und gaben jedem eine gesonderte Identität.
Für die Hochschullehrer und das Verwaltungspersonal führte die Konjunktur im Juli zur ersehnten Autonomie, das heißt nicht mehr dem Bildungsministerium unterstellt zu sein, sondern der Präsidentschaft.

Außerdem endeten mit dieser Autonomie die Funktionsverdoppelungen und die zur Universität gehörenden Einrichtungen wurden neu definiert. So gesellte sich zu den traditionellen Zweigen die Schule für Schöne Künste mit den Studiengängen Architektur, Malerei und Bildhauerei. Die Abteilung für Naturwissenschaften und Chemische Industrien wurde in Nationale Schule für Chemiewissenschaften umbenannt und die Nationale Schule für Veterinärmedizin wurde in die Universität integriert.

Die früher isolierten Forschungseinrichtungen wurden nun als Institute, wie zum Beispiel das Institut für Biologie und Institut für Geologie, in die Universität eingegliedert. Die Schule für Medizin wurde zur Fakultät, wie auch die der Rechtswissenschaften und Sozialwissenschaften, in Letzterer wurde ein Zweig für Wirtschaftswissenschaften gegründet. So zeichnete sich im Jahr 1929 das Profil der zeitgenössischen Universität ab.

Im August wurden die Direktoren der Schulen, Fakultäten und Institute und andere Amtsträger ernannt. José López Lira war zeitweilig Rektor und später erneut Ignacio García Tellez.

Der Universitätsrat genehmigte die akademischen Grade, die die Universität verleihen würde: Bachelor, Master in Naturwissenschaft, Master in den Schönen Künsten, Master in Literatur, Master in Philosophie, Doktor der Naturwissenschaften, Doktor der Literatur, Doktor der Schönen Künste und Doktor der Philosophie.

An dem Wahlkampf für die Präsidentschaft nahmen die Universitätsangehörigen begeistert teil. Viele Anführer des Vasconcelismus beteiligten sich am Kampf für die Autonomie, wie zum Beispiel Gómez Arias und Azuela. Das Wahlergebnis fiel zugunsten des Kandidaten der Nationalen Revolutionären Partei (PNR), Pascual Ortíz Rubio, aus.