El Rector es el jefe nato de la Universidad, su representante legal y presidente del Consejo Univesitario. Es designado por la Junta de Gobierno de la Institución, y dura en su encargo cuatro años con la posiblidad de ser reelegido una sola vez. Para ser Rector se requiere ser mexicano por nacimiento, mayor de 35 y menor de 70 años, poseer un grado superior al de bachiller, contar por lo menos con 10 años de servicios docentes o de investigación en la Universidad, haberse distinguido en su especialidad y ser persona honorable y prudente.
Entre sus facultades y obligaciones principales están las de cuidar el exacto cumplimiento de la Ley Orgánica, de las disposiciones de la Junta de Gobierno y de las resoluciones que dicte el Consejo Universitario; formar las ternas de entre las cuales la Junta de Gobierno designa a los directores de facultades, escuelas e institutos; nombrar a los directores de los centros -previa exploración de la opinión de las comunidades correspondientes-; ejercer la dirección general del gobierno de la Universidad en materias no reservadas al Patronato, así como velar por el estricto cumplimiento de las normas que rigen la vida institucional, para lo cual procurará que el orden académico no se interrumpa.
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