Le Recteur est la tête dirigeante de l'Université, son représentant légal et le président du Conseil universitaire. Il est désigné par le Conseil d’administration de l’institution. Son mandat est de quatre ans et il peut être réélu une seule fois. Pour être recteur il faut être Mexicain de naissance ; avoir plus de 35 ans et mois de 70 ; être titulaire d’un grade supérieur au baccalauréat ; avoir été enseignant ou chercheur à l'UNAM pendant au moins 10 ans ; s'être distingué dans sa spécialité ; et être une personne honorable et prudente.
Il a notamment l'obligation et le pouvoir de veiller à l’application stricte de la Loi organique et à l’exécution des décisions du Conseil d’administration et du Conseil universitaire ; de choisir les trois personnes parmi lesquelles le Conseil d'administration élit chaque directeur de faculté, école ou institut ; de désigner les directeurs des centres (après consultation de la communauté intéressée), d’exercer la direction générale du gouvernement de l’Université pour les aspects non réservés au Comité de patronage ; de veiller au respect strict des normes régissant la vie institutionnelle, en faisant en sorte que l’ordre académique soit préservé.
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