各学部ダイレクター並びに学校長会
同会は、総長・各学部長並びにその他の大学の権威者間のコミュニケーションを保つために機能しており、教職員の連携並びに管理機関としても機能している。同局では、教職員関連・学歴管理など同機関が発展するために企画・改善するため意見を出し分析する。
ダイレクター局は、議長を務める総長、全ての学部の学部長、全ての学校の校長、人文学部コーディネーター、科学調査学部コーディネーター、科学人文学校校長により構成されている。同局の事務局長は、大学の事務総長が兼任する。
高等学校校長会
１９８５年の創設以来、同会は、総長・ジェネラル ダイレクター・国立高校校長・科学人文学学校長間のコミュニケーションを保ち向上させる為の顧問機関として生まれた。
同会では、国立高等学校と科学人文学校に共通する文化の普及と調査に関連した事項を当該機関に提出する案を作成する。それに加えて、その分野の学術計画を作成し、高校学問に関連した学術関連の案件に関し議論する。
同会は、議事を招集し議長を務める総長・ジェネラル ダイレクター・９つの国立高等学校校長・科学人文学校コーディネーター・科学人文学校付属高等学校学術部門長並びに５つの科学人文学校校長、大学事務総長により構成される。
学位修了者学習コース評議会
同会は、学士を修了した後の学習に関する全般的な方針を出すことを担当するコーディネート機関としてUNAMが１９６０年代に創設したものである。
同会は、学位修了後の専門コース・修士課程・博士課程での学習に関するプランとプログラムに関する創設や改革に関し発表し、様々な機関でのプロジェクトを作成する。また、調査研究に関するプロジェクトを組織する。
学位修了者学習コース評議会は、総長が議長を務めるが、この議長は、UNAMの事務総長もしくは同会コーディネーターが代理を務めることが出来る。また、同会は、科学調査コーディネーター、人文部コーディネーター、国立専門学校（ENEP）コーディネーター、各学部の専門コース部長、UNAM付属学校部長、専門サイクル学術局局長、科学人文学校専門コース局長などにより構成されている。
企画評議会
同会は、大学の様々な機関で実行される企画をコーディネイトする機関であり、同会の権限としては、総長諮問機関としての機能や、同大学の企画に関する全般的な方針を提案し調査することにある。
同会は、総長が議長を務め、総長がメンバーを指名する。また、企画・評価・プロジェクトダイレクターが書記を務める。
幾つかの案件に関しては、総長が妥当であると判断した専門家を会に招待する権限を有している。メキシコ社会の様々な分野と恒常的に協力し意見交換するため、各学部ダイレクター会、学校校長会、外部顧問、助言顧問混合機関などにより１９９１年に承認されている。大学卒業者、専門分野で顕著な活躍をしている著名人などで構成された名誉職による会である。
各分野の教職員評議会
各分野の教職員評議会の機能は、大学の課題を補強することを目的とした学術的な企画・評価・決議を行うものである。教職員評議会は、センター・学術局・研究所など以下の４つに分かれている：物理数学、工学部門教職員評議会、生物学、健康部門教職員評議会、社会科学部門教職員評議会、人文、芸術部門教職員評議会。
各教職員評議会には、コーディネーター一人、参加機関ダイレクター、教職員部門を代表する顧問一人、生徒代表一人、研究者代表一人と、専門サイクル学術局部門の生徒代表一人、人文科学学校学位取得コース生徒代表一人、当該分野担当教授二人、高等学校評議会メンバーにより構成される。それぞれの代表者には代理メンバーが割り当てられている。
高等学校教職員評議会
高等学校教職員評議会は、高等学校学術を強化し、その人材を最大に活用し発展させることを目的とし、高等学校学術に関し企画・評価・決断する機関である。更に、人文科学学校高等教育サイクル学術局 と協力し、活動を展開する。
高等学校教職員評議会は、国立高等学校コーディネーター、校長、事務局長並びに人文科学学校コーディネーター、同学校高等教育サイクル学術局局長、国立高等学校の各分野の教師を代表する顧問二人、人文科学学校の高等教育サイクル学術局の各分野の教師を代表する顧問二人、各分野の教職員評議会からそれぞれ教授、研究者、生徒一人ずつにより構成される。それどれの代表者には代理メンバーが割り当てられている。
コンピューターアドバイサー評議会
コンピューターアドバイサー評議会は、コンピューターに関連してサポートやアドバイスを行う会であり、以下の権限を有する：大学で起こりうるコンピューターに関連した問題に関し議論する、情報・電気通信・電気に関連したコンピューターの大学の発展プランに参加する、機械の購入とメンテに関する方針決定について、大学に対しアドバイスを行う、大学のコンピューター発展を可能にする資源を探求する。
コンピューターアドバイサー評議会は、UNAMの事務総長が議長を務め、総長不在の際には、総長が指名した委員会書記が代理で議長を務める。構成メンバーは以下のUNAM職員が務める：事務総長、事務書記、学術サービス書記、弁護士、人文学部コーディネーター、科学調査部コーディネーター、応用数学・システム研究所所長、管理事務の為のコンピューターサービス局ダイレクター、学術企画・評価・プロジェクト局ダイレクター、総長により指名されたコンピューターに関する広く深い知識を有する８人のメンバー、大学後援会指名メンバー一人。
大学の権利保護局
１９８５年８月７日、当時の総長であるホルヘ・カルピソ（Jorge Carpizo）は、大学の権利保護局（Defensoría de los Derechos Universitarios）を設立した。同局は、大学が議事や決議規定している事項が、不当かつ不正にまた妥当でない形で誤って犯された場合や、ある一定の期間を経てもこちらからの要請に対し全く何の回答も得ることが出来ない場合に対し、個人の権利を守る為に必要な手順を担当するものとする。
大学の権利保護局は、独立組織であり、その目的は、大学決議事項の遵守と、権利を侵されたと訴える教授や生徒の苦情を受け付けることにある。
前述の通り、同局は独立組織であり、大学が公平に判断することが出来るよう機能することが出来るようになっている。
同局の使命遂行のため、職員・機関・事務局により権利を侵害されたと訴える学生や教授の苦情を受け付け、当該の調査を遂行し、出来るだけ短い時間でその問題を解決するよう心掛けるものとする。
同大学の権利保護局は、スカンジナビアオンブズマンの機能を遂行するメキシコで最初の機関となっている。
大学裁判所
大学の法規や義務を乱した教授や生徒に対し罰則を適用することを目的とした機関である
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裁判所は、同大学法学部技術委員会を構成する教授の中で最も歴史のある教授が裁判官を務める。また、同大学弁護士が書記を担当し、理事は当該局の技術委員会で最も歴史のある教授が担当するが、案件が法学部に関連している場合には、裁判官の次に歴史のある教授が担当するものとする。学生の場合には、その学生が所属する学部から二人の学生が技術顧問として参加する。
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