総長は、大学のトップであり、法的代表人であり、大学委員会の会長でもある。大学の最高顧問会で任命され、任期は４年であり、一回だけ再任が認められている。総長に任命されるためには、メキシコ人（帰化してメキシコ人となった者を除く）、３５ー７０才、高校を卒業し大学に入学し、同大学で少なくとも１０年以上教職もしくは研究を行っており、その専門分野で素晴らしい成績を残し、人としても尊敬されていることが条件となっている
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総長の主な権限と義務としては、同大学組織法・最高顧問会議の規定・大学委員会決議を正確に遵守するよう気を配ること、最高顧問会議会が指名する学部ダイレクター・校長・機関長と協力し活動すること、当該機関の意見を事前に聞いた上で、各センターのダイレクターを任命すること、後援会組織に関連しない大学運営を指揮すること、大学の生活を行うために必要な法規を厳密に遵守するよう呼びかけること、また、教職員の規律が乱れないよう配慮することなどがある。
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