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ヌエバ・エスパニャに大学創立を考えた大司教フアン・デ・スマラガ (Juan de Zumárraga) 神父の要望に関する最初の音信は１５３６年にさかのぼる。直ちに、副王アントニオ・デ・メンドサ (Antonio de Mendoza) がこの発案に加わり、１５４７年スペイン王室が了承の返答を与えた。

しかしながら、大学の設立は前述の年ではなく、スペイン王立・教皇立メキシコ大学として創設に関する勅令 が交付された１５５１年９月２１日まで待たなければならなかった。

ＵＮＡＭの創立は１５５３年１月２５日である。 スコラ哲学の伝統を踏まえたヨーロッパの大学、特にサラマンカ (Salamanca) 大学をイメージした類似の大学を創設することで組織された。

１７７８年に王立外科学校、１７９２年に王立鉱業学校が開設された。２年後、芸術を学ぶためのアカデミア・デ・サン・カルロス (Academia de San Carlos) が設立された。

独立戦争の後、スペイン国王はメキシコに対する領主権を喪失したので、大学から「王立」の文字が削除された。その時より、国立・教皇立と呼ばれ、更に後になってメキシコ大学の名前だけが残った。

進歩に後退する出来事だとして自由主義者からは快く思われなかったので、 大学は１８３３年、１８５７年、１８６１年、１８６５年に閉鎖された。

マキシミリアノ (Maximiliano) 皇帝は大学を再開し、医学、工学、図書館学、建築学、法学などの各学校、後に農業学校が設立された。

１８６７年、ガビノ・バレダ (Gabino Barreda) 博士は、アウグスト・コムテ (Augusto Comte) の思想に感化された学習プランとして国立高等学科を設立した。この教育改革は１９世紀まで継続した植民地教育の残滓を一掃した。

近代メキシコ大学の歴史的前提は１８８１年２月１１日、フスト・シエラ (Justo Sierra) が下院議会で提案したプロジェクトまで遡ることができる。

同年４月７日、アグアスカリエンテス、ハリスコ 、プエブラ 、ヴェラクルス 各州議会の支援を受け下院において承認された。よく知られているように、フスト・シエラ (Justo Sierra) のプロジェクトは多くの賛同者を得なかったが、彼は決してメキシコにおける国立大学の設立プランを諦めなかった。

上記のプロジェクトにシエラ (Sierra) は芸術学校、商学、政治学、法学、工学、医学、教員養成学校などの高等教育、及び国立高等学校、女子中学校など新たな教育機関を統合する構想を 入れていた。

１９０２年４月１３日、シエラ は高等教育審議会に大学開設に関する新たなプロジェクトを提案し、３年後、改めて同審議会に再提案した。

１９０５年、それまでの法務省から公教育省が分離された時点で、シエラ のプロジェクトは実現へ向けて、最大の推進力を得ることになった。シエラ は新たに創られた公教育省の副大臣に就任した。１９０７年３月３０日、独立１００周年の関連行事の中でメキシコ大統領は国立大学開設に同意する旨を表明した。

シエラ (Sierra) のプロジェクト実現に向け、公教育大臣は教育学者 エセキエル・A・チャヴェス (Ezequiel A. Chávez) を「多くの大学の機能を調査するために」三回に渉り欧州及び米国に派遣した。

チャヴェス によって 行われた調査を基に、メキシコ国立大学の最終プロジェクトが考案された。