O Reitor é o chefe nato da Universidade, representante legal e presidente do Conselho Universitário. É designado pelo Comitê do Governo da Instituição, e dura no seu cargo quatro anos com a possibilidade de ser reeleito uma só vez. Para ser Reitor requer ser mexicano de nascimento, maior de 35 e menor de 70 anos, possuir grau superior ao de graduação, contar com pelo menos 10 anos de serviços docentes ou de pesquisa na Universidade, ter se sobressaído na sua especialidade, ser honrado e prudente.
Entre suas faculdades e obrigações principais estão as de cuidar com o cumprimento da Lei Orgânica, das disposições do Comitê do Governo e das resoluções que dite o Conselho Universitário; formar os trios dentro do Comitê do Governo que designará os diretores de faculdades, escolas e institutos; nomear os diretores dos centros – com prévia pesquisa de opinião das comunidades correspondentes-; exercer a diretoria geral do governo da Universidade em matérias não reservadas ao Patrono, assim como velar pelo estrito cumprimento das normas que regem a vida institucional e cuidará que a ordem acadêmica não se interrompa.
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