O engenheiro Ignacio Bonillas iniciou sua campanha eleitoral em março como candidato oficial à presidência. No mês seguinte, o general Obregón foi chamado a declarar no julgamento do general Roberto Cejudo, com quem, suspeitava-se, mantinha laços. Obregón escapou dos seus vigilantes e fugiu para Guerrero.

Entretanto, no dia 23 de Abril o governador de Sonora expediu o Plano de Água Preta, que convocava o não reconhecimento do governo. Carranza abandonou a capital em 6 de Maio e foi assassinado en Tlaxcalantongo, Puebla, no día 21 do mesmo mês. Durante os dias da ocupação da capital pelas forças de Pablo González, também em Maio, foi nomeado reitor interino don Balbino Dávalos. Com o triunfo da rebelião o Congresso nomeou presidente interino a Adolfo de la Huerta.

"Nestes momentos eu não venho trabalhar para a Universidade, mas sim pedir a Universidade que trabalhe para o povo", expressou Vasconcelos no seu discurso inaugural como reitor. Se bem que seu maior esforço, desde a Universidade, foi propor a federalização do ensino como passo prévio a criação de uma Secretaria de Educação Pública. Sua presença como reitor da Universidade deixou rastros inesquecíveis, tais como a reintegração da Escola Nacional de Ensino Médio à Universidade, o arranque da campanha nacional contra o analfabetismo e a incorporação das mulheres a ela, as instruções sobre asseio pessoal e higiene e a isenção de pagamento aos alunos pobres.

Enquanto isso, Ezequiel A. Chávez preparava o projeto de federalização do ensino. A Universidade, a partir deste ano, entrou num dinamismo que não tinha sido visto no seu primeiro decênio. No dia 1 de Dezembro, o general Álvaro Obregón tomou posse como presidente da República.

Deste ano data uma das iniciativas vasconcelistas que mais perdurou: a lei que estabelece o escudo e o lema da instituição, "Pela minha raça falará o espírito", junto com a imagem da águia e do condor que rodeiam o mapa que representa a América Latina, desde a fronteira norte do México até o Cabo de Hornos. Também deste ano data o projeto de edições que continuaria a Secretaria da Educação. Com Pedro Henríquez Ureña como diretor, foram criadas a Escola de Verão e o Departamento de Intercâmbio e de Extensão Universitária.

Em 20 de Setembro foi inaugurado, no Anfiteatro Bolívar, o Congresso Internacional de Estudantes. Destacaram-se entre os participantes o argentino Arnaldo Orfila Reynal e o mexicano Daniel Cosío Villegas. Deu inicio a decoração do mural do edifício da Escola Nacional de Ensino Médio com trabalhos de Diego Rivera, José Clemente Orozco, Fernando Leal e Jean Charlot.

Depois que Vasconcelos percorreu a República, os legislativos dos estados aprovaram a reforma constitucional que criaria a Secretaria da Educação Pública, da qual dependeria a Universidade Nacional. Em 10 de Outubro, Vasconcelos tomou posse do cargo de secretário da Educação. Como reitor da Universidade foi nomeado Antonio Caso, depois de um breve interinato do secretário Mariano Silva y Aceves.

A Diretoria da Escola Nacional de Ensino Médio teve uma crise ao não ser aceito a esta instituição, o destacado professor de matemáticas Sotero Prieto. Em virtude disso o próprio Vasconcelos se autonomeou diretor da Escola. O reitor Caso considerou esta ação como una anomalia e apresentou sua renúncia, que não foi aceita.

O licenciado Vicente Lombardo Toledano, posteriormente, foi nomeado diretor da Escola de Ensino Médio. De fato, a Universidade era subordinada à Secretaria, cujas iniciativas dependiam desta.

A Universidade tinha constituído-se em uma das bases do projeto educativo nacional que o governo do general Obregón apoiava.

O Antigo Instituto Científico e Literário de San Luis Potosí foi transformado na Universidade Autônoma de San Luis Potosí. A evidente desavença entre o diretor Lombardo e o secretário Vasconcelos tornou-se um novo problema para a Escola de Ensino Médio

No fundo, todo o problema estava na administração rígida de Lombardo. Os estudantes da Escola do Ensino Médio voltaram-se contra o titular da Educação. Um líder destacado era o jovem Salvador Azuela. Lombardo renuncia à direção da Escola. Assim que Vasconcelos aceitou a renúncia, o reitor Caso também apresentou a sua. Com eles, Pedro Henríquez Ureña, um dos seus professores mais ilustre, abandona as Escolas de Verão e de Altos Estudos.

Em Setembro, Obregón anunciou o reconhecimento do governo dos Estados Unidos, o que era esperado ansiosamente desde sua chegada ao poder. Esta ação foi fruto dos acordos de Bucareli. Adolfo de la Huerta que era um possível candidato presidencial, apresentou sua renúncia ao coincidir com a seleção do candidato oficial à presidência da República, o secretário de Fazenda  Plutarco Elías Calles.

Vasconcelos permaneceu fiel ao governo, ainda que não simpatizasse com Calles. Com a renúncia de Caso, don Ezequiel A. Chávez passou a ser o novo reitor. O estudante de Jurisprudência Luis Rubio Siliceo apresentou à Federação de Estudantes do México um projeto de lei para estabelecer a Autonomia da Universidade. Este projeto contaria em Setembro com o apoio de 96 deputados, liderado pelo Doutor Pedro de Alba. Criou-se o plantel 2 da Escola Nacional de Ensino Médio.

A rebelião provocada por Adolfo de la Huerta em dezembro fez com que o generoso orçamento que a Secretaria de Educação Pública houvera gozado, até então, minasse consideravelmente. Vasconcelos apresentou sua renúncia no princípio do ano, mas esta só foi aceita em 2 de Júlio..

O doutor Bernardo J. Gastélum substituiu Vasconcelos, que solicitou ao reitor Ezequiel A. Chávez um projeto de lei para decretar a autonomia, mas esta não prosperou. Em 1 de Outubro, a antiga Escola de Altos Estudos dividiu-se em  Faculdade de Filosofia e Letras, Normal Superior e Faculdade de Graduados; a seção de Ciências Exatas formou parte de Filosofia e Letras.

O general Plutarco Elías Calles assumiu a presidência da República no dia 1 de Dezembro, e nomeou José Manuel Puig Cassauranc para secretário de Educação Pública. A reitoria da Universidade foi ocupada pelo doutor Alfonso Pruneda.

A orientação criativa e estética, que imprimiu Vasconcelos à educação nacional, foi substituída pelo caráter pragmático do subsecretário de Educação, Moisés Sáenz. O maior fruto desta administração foi o reconhecimento da Escola de Ensino Médio, decretado em 31 de dezembro, que fez com que a Escola Nacional de Ensino Médio perdesse os três primeiros anos deste ciclo escolar.

Somente permaneceria desse modo a Escola de Iniciação Universitária, localizada no plantel 2 da Escola de Ensino Médio. Em 30 de Janeiro foi lido no Conselho Universitário o decreto do ex presidente Obregón que reconhecia a Faculdade de Filosofia e Letras e a Escola Normal Superior, assim como a mudança do nome da Faculdade de Ciências Químicas pelo de Faculdade de Química e Farmácia.

Os estudantes reconheceram a liderança intelectual de José Vasconcelos, auto-exiliado na Europa. Foi aprovada a proposta que permitia a reeleição do presidente da República desde que este não fosse um período sucessivo.

Foi traçada a candidatura do general Obregón, que morava na sua terra natal. Estourou o conflito entre a Igreja e o Estado que depois da proposta governamental limitava o culto católico de acordo com a lei do ministério.

A Liga Defensora da Liberdade Religiosa liderou a resistência urbana. No âmbito rural, o conflito começou nos estados de Zacatecas, Jalisco, Colima e Michoacán. Foi aprovado o Regulamento das Bibliotecas Universitárias, na Universidade.

Francisco Serrano, antigo colaborador de Obregón, aceitou ser candidato à presidência da República. O general Arnulfo R. Gómez fez o mesmo, apoiado pelo Partido Nacional Anti-reeleicionista, o qual era presidido pelo engenheiro Vito Alessio Robles.

Em princípio de Outubro, Serrano preparou uma cilada militar em que seriam eliminados Obregón, Calles e o general Amaro. O intento foi descoberto e no dia 4, quando Serrano festejava em Cuernavaca, ele e seus partidários foram capturados e vilmente assassinados na rodovia que os conduzia à capital.

Um mês depois, em Teocelo, Veracruz, morre em combate o general Gómez. A oposição à reeleição foi eliminada. Por sua parte, a guerra Cristã propagou-se e intensificou-se. Nada de relevante ocorreu no âmbito universitário. Continuaram circulando opiniões em torno da possível autonomia da Instituição.

Câmara de Senadores conheceu o projeto de Lei elaborado pela Liga Nacional de Estudantes, mas este não foi discutido. Os arquitetos Mauricio Campos e Marcial Gutiérrez Camarena apresentaram como tese profissional um projeto de construção de uma cidade universitária, a qual estaria localizada em Huipulco.

Posteriormente foram adquiridos terrenos em Lomas de Sotelo para construir um conjunto habitacional para os professores universitários, mas o projeto não prosperou.

Alvaro Obregón, eleito presidente da República, foi assassinado em 17 de Julho no restaurante La Bombilla, em San Angel. A crise política resolveu-se com a nomeação de um presidente interino, o licenciado Emilio Portes Gil, que assumiria a presidência no dia 1 de Dezembro, quando terminaria o mandato presidencial de Plutarco Elías Calles. Foram nomeados secretário da Educação o licenciado Ezequiel Padilla e o reitor da Universidade o licenciado Antonio Castro Leal.

O Partido Nacional Revolucionário foi criado no mês de Março. No seu seio aglutinaram-se as “forças revolucionárias” do país. Embora o general Plutarco Elías Calles não fosse o presidente, era a eminência parda e juntamente com o partido, controlaria a política nacional. Um grupo de generais, obregonistas ortodoxos, rebelou-se no Norte da República.

Uma forte mobilização militar, na qual se destacou o general Saturnino Cedillo, neutralizou e derrotou os rebeldes liderados por Gonzalo Escobar. O movimento cristão entrou em declive com a eliminação do general Enrique Goroztieta e pela entrada no país de alguns dos membros exilados do episcopado, permitida pelo do governo.

Monseñor Pascual Díaz liderou os diálogos com Portes Gil, que ficou conhecido como “arranjos” entre a Igreja e o Estado. Pascual Ortiz Rubio, até pouco tempo antes embaixador no Brasil, foi indicado pelo PNR como candidato à presidência.

Por sua parte, José Vasconcelos apresentou sua candidatura e iniciou um giro pela República, depois de ter entrado pela fronteira norte, na Baja Califórnia. Os estudantes e a classe média entusiasmaram-se com Vasconcelos.

No âmbito universitário, no dia 27 de Fevereiro foi expedido um regulamento de avaliações trimestrais. Dois meses depois, o reitor Antonio Castro Leal declarou que era necessário fixar um sistema adequado de avaliação que demonstrasse o aproveitamento dos alunos das diferentes escolas, especialmente dirigido aos de Direito e Ciências Sociais.

O diretor de Jurisprudência, Narciso Bassols, anunciou um novo critério para avaliar os alunos. Isto provocou fortes protestos estudantis. No dia 4 de Maio os estudantes de Leis participaram de uma assembléia geral e nomearam um comitê provisório de greve para tratar de resolver o conflito com o secretário de Educação, Ezequiel Padilla. Se não chegassem a um acordo, começariam a greve no dia 12.

A reitoria anunciou que, se isto acontecesse, fecharia a Escola de Jurisprudência. Não foi permitido aos estudantes dialogar com o reitor, mas somente com o secretário geral, Daniel Cosío Villegas. No dia 5 de Maio declararam greve. O diretor Bassols ameaçou com expulsar os dirigentes.

Em virtude da greve e do apoio que os alunos começaram a receber, o próprio presidente Portes Gil e o reitor Castro Leal anunciaram o fechamento da Escola e propuseram fechar também as escolas que apoiassem o movimento. Houve desordens nas escolas e manifestações com início de violência. No dia 8 de Maio, o reitor colocou à disposição dos estudantes o anfiteatro da Escola de Ensino Médio para garantir um lugar seguro para a reunião.

Os estudantes concordaram em enviar ao presidente um documento que explicava as causas da greve e propunham um mediador para o conflito. No dia seguinte, a Confederação Nacional dos Estudantes, presidida por Alejandro Gómez Arias, pediu a suas alianças o apoio para o movimento estudantil.

Foi designado um comitê de greve integrado, entre outros, por Gómez Arias, Salvador Azuela, Carlos Zapata Vela e Ricardo García Villalobos. Castro Leal deu por terminado o conflito. Por sua parte, os estudantes assinaram um acordo no qual se comprometiam a não entrar a nenhuma sala de aula.

O dia 11 tornou-se um marco que definiu a posição contrária à dos grevistas. Os estudantes publicaram um manifesto no qual expressaram suas razões e lançaram um ultimato de 48 horas para que o reitor nomeasse uma comissão que resolvesse o problema. Portes Gil apontou que o movimento tinha conotação política porque dois dos seus principais dirigentes, Gómez Arias e Azuela, eram vasconcelistas.

Em 16 de Maio foi decidido reabrir a escola de Jurisprudência, quando os alunos rematriculassem-se. Ninguém o fez. Durante os seguintes dias chegaram mais estudantes de outras escolas, incluindo os da Escola de Ensino Médio, as do Ensino Fundamental, Odontologia e Medicina. A polícia tentou entrar a força nesta última.

Houve uma grande manifestação estudantil, novos enfrentamentos e feridos. Alguns professores universitários renunciaram como ato de protesto contra a repressão. Por sua parte, Narciso Bassols apresentou sua renúncia. Portes Gil mandou retirar a polícia dos edifícios universitários para garantir aos estudantes a liberdade de dialogar.

Eles propuseram então a renúncia das autoridades educativas, incluindo o reitor, além da do chefe da polícia metropolitana, assim como a reincorporação das Escolas de Ensino Fundamental à Escola Nacional de Ensino Médio, e pediram que o presidente elegesse um reitor de um trio elaborado pelo Conselho Universitário. Os estudantes de Direito homenagearam os feridos do dia 23 e exigiram que esse dia fosse recordado como o dia do estudante e que a Praça de Santo Domingo fosse chamada “Praça 23 de maio”.

Portes Gil convidou os estudantes ao diálogo. Em 28 de Maio reuniram-se e este se declarou a favor da autonomia, mas recusou o referente às renuncias dos funcionários. Em 1 de Junho o Conselho Universitário fez público o seu acordo sobre a autonomia. O Congresso, em sessões extraordinárias, dedicou-se a discutir a proposta.

No dia 4 a Câmara de Deputados facultou o Executivo assentar as bases da autonomia. No dia seguinte o Senado fez o mesmo. Portes Gil formulou um projeto de Lei Orgânica da Universidade Nacional Autônoma. O Comitê de Greve fez públicas suas objeções ao projeto e pediu a renúncia de Castro Leal

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Em 29 de Junho foi formada uma Liga de Professores e Estudantes Universitários pelo Comitê de Greve. Em 5 de Julho, o comitê de greve declarou que se fosse aprovada a lei de autonomia acabariam com a greve. Finalmente, no dia 10 deste mês deu-se a conhecer a Lei Orgânica, que constava de 19 considerandos, 6 capítulos e 67 artigos, dos quais 12 eram transitórios. No dia seguinte aconteceu a última sessão do Comitê.

Foi declarado o fim da greve e a volta das atividades escolares. O licenciado Ignácio García Téllez foi nomeado reitor interino, de 21 de Julho ao 1 de Agosto. No dia 26 foi publicada a nova Lei Orgânica no Diário Oficial, trazendo um sentimento de união à Universidade que não se via desde a sua fundação.

A experiência da greve estudantil fez com que seus protagonistas tomassem consciência de pertencer a uma instituição e a um grêmio. Certamente, a origem comum da Escola de Ensino Médio era um elemento de união, mas as escolas profissionais separavam-nas dando-lhes uma identidade particular.

Com o resultado tão ansiado da autonomia, o conjunto integrado pelos professores e a administração, já não se subordinava à Secretaria de Educação, em última instância, somente do presidente da República.
Além disso, com a autonomia, acabaram-se as duplicidades e redefiniu-se a situação das partes integrantes da Universidade. Assim às escolas tradicionais juntaram-se a de Belas Artes com as carreiras de arquitetura, pintura e escultura. A de Ciências e Indústrias Químicas denominou-se Escola Nacional de Ciências Químicas e a Escola Nacional de Medicina Veterinária incorporou-se à UNAM.

Com a denominação de institutos, como os de Biologia e Geologia, as antigas dependências isoladas dedicadas à investigação integraram-se à Universidade. A Escola de Medicina tornou-se Faculdade, assim como Direito e Ciências Sociais, dentro da qual se fundou uma seção de Economia. O perfil da Universidade contemporânea definiu-se em 1929.
Durante o mês de Agosto foram nomeados os diretores de escolas, faculdades e institutos, assim como outros funcionários. José López Lira foi o reitor interino e posteriormente, outra vez o licenciado Ignácio García Téllez.

O Conselho Universitário aprovou os graus acadêmicos que iam ser concedidos pela Universidade: bacharel, mestre em ciências, em belas artes, em letras, em filosofia, doutor em ciências, em letras e em filosofia.

A campanha presidencial contou com uma entusiasmada participação dos universitários. Muitos líderes do vasconcelismo, efetivamente, participaram na luta pela autonomia, como Gómez Arias e Azuela. O resultado das eleições favoreceu ao candidato do PNR, Pascual Ortiz Rubio.