1940
Año electoral. El general Juan Andreu Almazán fue postulado candidato por el Partido Revolucionario de Unidad Nacional (PRUN). Alcanzó un gran número de adeptos. El PAN buscó postular al licenciado Luis Cabrera, que gozaba de amplio prestigio y que se había opuesto al gobierno de Cárdenas, pero declinó la postulación.
La guerra comenzó a generalizarse en Europa. Se acordó la creación de El Colegio de México, a partir de la disolución de la Casa de España. Los maestros del exilio español se integraron de manera definitiva a las distintas instituciones de educación superior e investigación existentes en el país, habiéndose beneficiado de ello la UNAM, en gran medida.
Comenzaron los trabajos del Instituto de Derecho Comparado, dentro de la Escuela Nacional de Jurisprudencia. Al mismo tiempo, fue creado el Centro de Estudios Filosóficos, dependiente de la Facultad de Filosofía y Letras.
Fue aprobado el Reglamento para la Elección de Ternas para Directores de Facultades y Escuelas. La sección de incorporación se convirtió en Departamento de Universidades y Escuelas Incorporadas. Fue electo presidente el general Avila Camacho, en medio del descontento de los partidarios del general Almazán, quienes no aceptaron la derrota de su candidato. Era presumible su triunfo.
No obstante, el vencedor oficial fue Avila Camacho, quien tomó posesión el 1 de diciembre. Al día siguiente presentó su renuncia el doctor Baz como rector. En lugar de aceptársele, se le concedió licencia y se le nombró rector honorario. Pasó a encabezar la Secretaría de Salubridad y Asistencia. Fungió como rector interino el licenciado Mario de la Cueva.
1941
A la repatriación de José Vasconcelos, se le designó director de la Biblioteca Nacional en sustitución de Aurelio Manrique. Se creó el Instituto de Investigaciones Económicas, dentro de la Escuela Nacional de Economía, y comenzó a aparecer la revista Investigación Económica. También comenzó a publicarse la revista Filosofía y Letras, con secciones permanentes de filosofía, letras e historia.
Aparecieron en ella artículos de maestros mexicanos y españoles, así como traducciones de textos internacionales importantes. Dieron principio también las actividades del Laboratorio de Estudios Médicos y Biológicos. Quedó establecido el Reglamento de Incorporación de Enseñanzas y el de Revalidación de Estudios y de Reconocimiento de Grados y Títulos.
Con el bombardeo a Pearl Harbor, en Hawai, los Estados Unidos decidieron su ingreso a la Segunda Guerra Mundial, hasta entonces limitada al ámbito euro-asiático. Posteriormente, México declara la guerra a las potencias del Eje.
1942
La política de unidad nacional proclamada por el presidente Avila Camacho se concretó en una vistosa ceremonia en el Zócalo. Asistieron a la tribuna de honor todos los expresidentes de la República, ya repatriados.
El 19 de Junio tomó posesión como rector de la Universidad el licenciado Rodulfo Brito Foucher. Era secretario general el licenciado Alfonso Noriega Cantú. Se volvió a insistir en la conveniencia de construir una ciudad universitaria. Se establecieron las reglas para la elección de consejeros universitarios.
1943
Fue creado, por decreto presidencial, El Colegio Nacional. Entre sus fundadores hubo varios universitarios distinguidos. Se decidió que la ciudad universitaria fuera edificada en San Ángel. Entra en funciones el Departamento de Información y Prensa.
El rector planteó la creación de cuatro departamentos de investigación científica. De la mayor importancia fue el Reglamento que creó la posición de Profesor Universitario de Carrera.
1944
Se hicieron reformas al Estatuto General de la Universidad. Después de cierta tranquilidad, hacia mediados del año hubo enfrentamiento de estudiantes con autoridades. El rector Brito Foucher presentó su renuncia. El 29 de Julio se nombró un Directorio integrado por los licenciados Manuel Gual Vidal, Octavio Medellín Ostos y Raúl Cervantes Ahumada.
Se convocó a un Consejo Universitario con carácter constituyente cuya función sería elaborar un proyecto de Ley Orgánica que sería presentado al Congreso de la Unión por el presidente Avila Camacho.
Una junta de ex-rectores aprobó las Bases para el Gobierno Provisional de la Universidad. El conflicto que provocó la renuncia del rector, y cuyo centro se ubicó en la Preparatoria, llegó a su fin al ser electo rector el licenciado Alfonso Caso, el 14 de agosto.
El 30 de septiembre el Congreso de la Unión aprobó la nueva Ley Orgánica de la Universidad, que fue firmada por el presidente el 30 de diciembre. Mientras entraba en vigor, el Consejo Universitario le otorgó su visto bueno y para que la institución siguiera su marcha, se aprobó que siguieran vigentes los reglamentos de estudios aprobados en 1942.
En sesión del Consejo Universitario del 23 de octubre, fueron presentados los miembros del primer Patronato Universitario, integrado por Alejandro Quijano, Roberto Casas Alatriste y Evaristo Araiza.
Así mismo, se crearon la carrera y el Departamento de Psicología en la Facultad de Filosofía y Letras y los Departamentos de Humanidades y de Investigación Científica, antecedentes de las actuales coordinaciones. A partir de la Escuela de Verano, que recibía en estos años alrededor de dos mil alumnos, fue enviado un grupo de profesores a impartir cursos de cultura mexicana a la ciudad de San Antonio. Su primera sede sería la San Antonio Vocational School.
1945
El 6 de enero se publicó el texto de la Ley Orgánica de la Universidad en el Diario Oficial. El nuevo instrumento legal establecía una Junta de Gobierno integrada por 15 notables, un Patronato y, desde luego, señalaba como autoridades máximas al rector y al Consejo Universitario, además de establecer la autoridad de los directores de escuelas, facultades e institutos, con los respectivos consejos técnicos para las primeras. De la Ley Orgánica se desprendía la redacción del nuevo Estatuto General.
Los miembros de la primera Junta de Gobierno fueron: Antonio Caso, Manuel Gómez Morín y Fernando Ocaranza, ex-rectores, Manuel Sandoval Vallarta, Ignacio Chávez, Mariano Hernández, Jesús Silva Herzog, Manuel Martínez Báez, Abraham Ayala González, Federico Mariscal, Alfonso Reyes, Ricardo Caturegli, José Torres Torija, Gabino Fraga y Alejandro Quijano.
Don Antonio Caso no aceptó la designación. Fue sustituido por Mario de la Cueva. En marzo se terminó de discutir y se aprobó el Estatuto General. Fue creado el Instituto de Historia. La Escuela Nacional de Enfermería se separó de la de Medicina.
El 24 de ese mes se designó rector al licenciado Genaro Fernández MacGrégor, internacionalista y escritor. Se crearon las coordinaciones de Humanidades y de la Investigación Científica, con sus consejos técnicos respectivos, integrados por los directores de los institutos. En el ámbito internacional, tocó su fin la Segunda Guerra Mundial, con la derrota de Alemania.
En Japón fueron arrojadas dos bombas atómicas en el mes de agosto. Una nueva era internacional comenzó, al crearse dos grandes polos de poder: el norteamericano y el soviético.
Se fundó la Organización de las Naciones Unidas, de la que México ha sido miembro desde su fundación. El licenciado Miguel Alemán Valdés, quien se desempeñaba como secretario de Gobernación, fue escogido como candidato del todavía denominado Partido de la Revolución Mexicana (PRM). De manera independiente fue apoyado el secretario de Relaciones Exteriores, licenciado Ezequiel Padilla.
El ambiente electoral animó los últimos meses del año. En la Universidad se discutía el Reglamento para el Profesorado de Carrera y otros reglamentos derivados de la nueva legislación, como el relativo a los concursos de oposición a que se debían someter los profesores.
El último día del año el Congreso de la Unión aprobó el Proyecto de Ley sobre la Fundación y Construcción de la Ciudad Universitaria. Fue publicado en el Diario Oficial el decreto que establece el Premio Nacional de Ciencias y Artes.
1946
Campaña de Miguel Alemán y de Ezequiel Padilla para la presidencia de la República. El PRM se transforma en Partido Revolucionario Institucional. Gana la elección presidencial Miguel Alemán, aunque su contrincante tuvo muchos partidarios. El artículo 3o. constitucional volvió a ser reformado.
La educación socialista quedó suprimida. Al final del año, cuando tomó posesión de la presidencia Miguel Alemán, se puso énfasis en que se trataba del primer presidente civil con la excepción de Portes Gil del periodo posrevolucionario. Así mismo, era el primer egresado de la UNAM que asumío la presidencia.
Pertenecía a la generación 20-24 de la Escuela Nacional Preparatoria, de la que también formaron parte Alejandro Gómez Arias, Frida Kahlo y otros mexicanos que destacaron en distintas actividades. Se publicó el decreto de creación del Instituto Nacional de Bellas Artes y Literatura.
Don Antonio Caso fue nombrado profesor emérito de la Universidad y murió este mismo año. Reapareció la Revista de la Universidad de México, recobrando el nombre que originalmente tuvo, cuando se fundó, bajo la dirección de Julio Jiménez Rueda, en 1930. Fue organizado un movimiento en contra del rector Genaro Fernández Mac Gregor, quien terminó por presentar su renuncia. En su lugar fue nombrado el doctor Salvador Zubirán Anchondo, el 4 de marzo.
El 6 de abril siguiente apareció en el Diario Oficial la Ley sobre la Fundación y Construcción de la Ciudad Universitaria. En septiembre, en la misma fuente, se publicó el decreto de expropiación de los terrenos del Pedregal de San Angel destinados a la Ciudad Universitaria.
De la reglamentación interna destaca la aprobación, el 30 de agosto, de las modificaciones al Reglamento de Profesores de Carrera, al de Investigadores de Carrera, al de jubilaciones para profesores y empleados, así como al de la Escuela de Graduados, con la que se establecería una especie de posgrado para todas las carreras, que jamás llegó a funcionar aunque su nombre figuraba en el Estatuto General.
La Universidad distinguió a Manuel M. Ponce como director vitalicio de la Escuela Nacional de Música, y a Isaac Ochoterena, Ezequiel Ordóñez y Joaquín Gallo como investigadores eméritos y directores honorarios del Instituto de Biología, del Instituto de Geología, y del Observatorio Astronómico.
1947
Fueron creadas nuevas dependencias y reorganizadas otras ya existentes. Destaca la creación de la Dirección General de Actividades Académicas y Difusión Cultural, que contaba entre sus dependencias a la Escuela de Verano. El Departamento Escolar se convirtió en Dirección General de Servicios Escolares.
La sección de Personal fue elevada a la categoría de Oficina, dependiente de la Secretaría General. El ingeniero Ricardo Monges López fue director honorario de la Facultad de Ciencias.
El reglamento de pagos para 1948, aprobado este año, estableció la inscripción de 25 pesos y colegiaturas que oscilaron entre 80 y 200 pesos. El examen extraordinario costaba 10 pesos. Mientras, la vida política del país transcurría sin sobresaltos en tanto que en Europa los países afectados por la guerra hacían denodados esfuerzos de reconstrucción.
1948
El gobierno mexicano se vio precisado a devaluar el peso frente al dólar norteamericano, fijando una paridad de $8.65. En otro orden de cosas, la izquierda mexicana se reagrupa para fundar el Partido Popular. Los convocantes fueron Vicente Lombardo Toledano y Narciso Bassols, quedando el primero al frente del nuevo partido. El Instituto de Derecho Comparado obtuvo su autonomía.
Un movimiento estudiantil, en contra del rector Zubirán, lo obligó a renunciar a su cargo. Lo sustituyó desde el 1 de junio el licenciado Luis Garrido, tras el interinato de Alfonso Ochoa Ravizé.
En la revisión del reglamento de pagos, se aprobó un descenso en las cuotas de inscripción, de 25 a 20 pesos y de colegiatura: de 80 y 200 a 65 y 180 pesos. Los extraordinarios bajaron a 6 pesos.
1949
La población estudiantil de la Universidad en este año fue de 23 mil 192 alumnos, siendo 19 mil 242 varones y 3 mil 950 mujeres. De la primera cifra, 6 mil 487 alumnos eran de primer ingreso. Fue aprobado el Reglamento del Consejo Universitario y fue creada la Unión de Universidades Latinoamericanas.