Coordinación de la Investigación Científica
- Centro de Nanociencias y Nanotecnología (CNyN)
- Centro de Ciencias Genómicas (CCG)
- Centro de Ciencias Matemáticas (CCM)
- Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada (CFATA)
- Centro de Investigaciones en Geografía Ambiental (CIGA)
- Dirección General de Divulgación de la Ciencia (DGDC)
- Programa Espacial Universitario (PEU)
- Programa de Investigación en Cambio Climático (PINCC)
- Programa Universitario de Alimentación Sostenible (PUAS)
- Programa Universitario de Estrategias para la Sustentabilidad (PUES)
- Programa Universitario de Investigación sobre Riesgos Epidemiológicos y Emergentes (PUIREE)
- Programa Universitario de Estudios Interdisciplinarios del Suelo (PUEIS)
Institutos de Investigación Científica
- Instituto de Astronomía (IA)
- Instituto de Biología (IB)
- Instituto de Biotecnología (IBt)
- Instituto de Ciencias Aplicadas y Tecnología (ICAT)
- Instituto de Ciencias de la Atmósfera y Cambio Climático (ICACC)
- Instituto de Ciencias del Mar y Limnología (ICMyL)
- Instituto de Ciencias Físicas (ICF)
- Instituto de Ciencias Nucleares (ICN)
- Instituto de Ecología (IE)
- Instituto de Energías Renovables (IER)
- Instituto de Física (IF)
- Instituto de Fisiología Celular (IFC)
- Instituto de Geociencias
- Instituto de Geofísica (IGEF)
- Instituto de Geografía (IGg)
- Instituto de Geología (IGL)
- Instituto de Ingeniería (II)
- Instituto de Investigaciones Biomédicas (IIB)
- Instituto de Investigaciones en Ecosistemas y Sustentabilidad (IIES)
- Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas (IIMAS)
- Instituto de Investigaciones en Materiales (IIM)
- Instituto de Matemáticas (IM)
- Instituto de Neurobiología (INB)
- Instituto de Química (IQ)
- Instituto de Radioastronomía y Astrofísica (CRyA)
Coordinación de Humanidades
- Centro de Investigaciones sobre América Latina y el Caribe (CIALC)
- Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades (CEIICH)
- Centro de Investigaciones y Estudios de Género (CIEG)
- Centro de Investigaciones sobre América del Norte (CISAN)
- Centro Peninsular en Humanidades y Ciencias Sociales (CEPHCIS)
- Centro Regional de Investigaciones Multidisciplinarias (CRIM)
- Programa Universitario de Bioética (PUB)
- Programa Universitario de Derechos Humanos (PUDH)
- Programa Universitario de Estudios del Desarrollo (PUED)
- Programa Universitario de Estudios sobre Asia y África (PUEAA)
- Programa Universitario de Estudios sobre la Ciudad (PUEC)
- Programa Universitario Diversidad Cultural e Interculturalidad (PUIC)
- Centro de Enseñanza para Extranjeros (CEPE)
- Escuela Nacional de Lenguas, Lingüística y Traducción (ENALLT)
Institutos de Humanidades
- Instituto de Investigaciones Antropológicas (IIA)
- Centro de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Chiapas y la Frontera Sur (CIMSUR)
- Instituto de Investigaciones Bibliográficas (IIB)
- Instituto de Investigaciones Bibliotecológicas y de la Información (IIBI)
- Instituto de Investigaciones Económicas (IIEc)
- Instituto de Investigaciones Estéticas (IIE)
- Instituto de Investigaciones Filológicas (IIFL)
- Instituto de Investigaciones Filosóficas (IIFs)
- Instituto de Investigaciones Históricas (IIH)
- Instituto de Investigaciones Jurídicas (IIJ)
- Instituto de Investigaciones Sociales (IIS)
- Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación (IISUE)