Coordinación de la Investigación Científica
- Centro de Ciencias Genómicas
- Centro de Ciencias Matemáticas
- Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada
- Centro de Geociencias
- Centro de Investigaciones en Geografía Ambiental
- Centro de Nanociencias y Nanotecnología
- Dirección General de Divulgación de la Ciencia
Institutos de Investigación Científica
- Instituto de Astronomía
- Instituto de Biología
- Instituto de Biotecnología
- Instituto de Ciencias Aplicadas y Tecnología
- Instituto de Ciencias del Mar y Limnología
- Instituto de Ciencias Físicas
- Instituto de Ciencias Nucleares
- Instituto de Ciencias de la Atmósfera y Cambio Climático
- Instituto de Ecología
- Instituto de Energías Renovables
- Instituto de Física
- Instituto de Fisiología Celular
- Instituto de Geofísica
- Instituto de Geografía
- Instituto de Geología
- Instituto de Ingeniería
- Instituto de Investigaciones Biomédicas
- Instituto de Investigaciones en Ecosistemas y Sustentabilidad
- Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas y en Sistemas
- Instituto de Investigaciones en Materiales
- Instituto de Matemáticas
- Instituto de Neurobiología
- Instituto de Química
- Instituto de Radioastronomía y Astrofísica
Coordinación de Humanidades
- Centro de Investigaciones sobre América Latina y el Caribe
- Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades
- Centro de Investigaciones sobre América del Norte
- Centro de Investigaciones y Estudios de Género
- Centro Peninsular en Humanidades y Ciencias Sociales
- Centro Regional de Investigaciones Multidisciplinarias
- Escuela Nacional de Lenguas, Lingüística y Traducción
- Centro de Investigaciones Multidisciplinarias sobre Chiapas y la Frontera Sur
- Casa de las Humanidades
- Casa Universitaria del Libro
Institutos de Humanidades
- Instituto de Investigaciones Antropológicas
- Instituto de Investigaciones Bibliográficas
- Instituto de Investigaciones Bibliotecológicas y de la Información
- Instituto de Investigaciones Económicas
- Instituto de Investigaciones Estéticas
- Instituto de Investigaciones Filológicas
- Instituto de Investigaciones Filosóficas
- Instituto de Investigaciones Históricas
- Instituto de Investigaciones Jurídicas
- Instituto de Investigaciones Sociales
- Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación
Programas Universitarios
- Programa de Investigación en Cambio Climático
- Programa Universitario de Alimentación Sostenible
- Programa Universitario de Bioética
- Programa Universitario de Derechos Humanos
- Programa Universitario de Estudios del Desarrollo
- Programa Universitario de Estudios sobre la Ciudad
- Programa Universitario de Investigación en Salud
- Programa Universitario de Estrategias para la Sustentabilidad
- Programa Universitario de Estudios de la Diversidad Cultural y la Interculturalidad